常見肛瘺的病因：
    1.內口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流，可是原發感染源，肛竇炎或肛腺感染仍可繼續存在，腸腔內容物也可從內口繼續進入瘺管。
    2.肛門部不能靜養，膿腔不易粘合：排糞、排尿時，因括約肌收縮或因炎癥刺激肛門括約肌，會使肛門括約肌經常處于痙攣狀態。
    3.腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘺管，它會刺激管壁，同時也會使管壁結締組織增生變厚，管腔難以閉合。
    4.膿腔引流不暢，或是外口縮小，時閉時潰，膿液蓄積腔內，導致膿腫再發，并穿破而形成新的支管或竇道，這些都會導致肛瘺癥狀的出現。
    5.管道多在不同高度穿插過肛門括約肌，括約肌收縮阻礙膿液排出，以致引流不暢。同時除此之外，結核、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肛管或者腸癌和腹股溝淋巴肉芽腫等，也是形成肛瘺的主要的病因。