肛瘺基本病因，是肛門直腸周圍感染形成不能愈合的慢性遷延性瘺道或竇道，其大體感染來源分為：
    一、腺源性肛瘺：肛管齒線位肛隱窩內肛腺感染，沿肛管直腸肌肉及軟組織間隙蔓延擴散，形成開口瘺道或不開口的竇道，向下形成低位肛瘺，向上超過肛直環（或瘺管在肛直環內）形成高位肛瘺。腹瀉、便秘、疲勞、抵抗力下降是常見誘因，90%肛瘺由此發生，治療較為容易，手術多能一次性治愈。
    二、囊源性肛瘺：由肛門直腸周圍間隙內（或盆底）囊性腫物生長體積增大及排便腸蠕動擠壓，囊壁移行至肛管直腸交界薄弱處（肛隱窩），在抵抗力下降時誘發感染，形成囊性竇道或瘺道，頂端位置往往較高，有光滑、寬曠、分隔狀囊性內壁，常見于皮樣囊腫、表皮樣囊腫、畸胎瘤等，占高位肛瘺30%左右，因內壁有上皮組織不易完全祛除及囊壁較硬不易關閉愈合，難于一次性手術治愈，臨床上稱為“復發性復雜性肛瘺”。
    三、裂源性肛瘺：由于肛裂繼發感染蔓延形成瘺管，因肛裂位置較低，多形成皮下瘺，是陳舊性肛裂常見并發癥，多見于肛門前后正中位，前方發生復雜性肛瘺的較多，女性常見。
    四、痔源性肛瘺：因血栓痔感染形成瘺管，多為皮下瘺，或向上形成粘膜下瘺，混合痔血栓形成感染形成的肛瘺內口多在齒線位痔體兩側，右前方母痔區發生較多，且易行成較為復雜的肛瘺。
    五、腸源性肛瘺：由于慢性炎性腸病，如潰瘍性直腸炎、克隆氏病，潰瘍感染波及直腸壁向下形成瘺道至肛周，一般以原發病表現為主，肛瘺治愈較為困難。
    六、醫源性肛瘺：因肛門直腸檢查、手術治療引起感染蔓延擴散形成肛瘺。主要是齒線位肛隱窩肛腺受損傷、分泌不暢引起感染繼發，常見不正確結扎痔核或縫線于齒線位引起。隨著手術方式的改進，此類肛瘺發生逐漸少見；更少見于盆腔其它手術如直腸、子宮、膀胱、骶尾椎手術感染形成瘺道。
    七、傷源性肛瘺：因誤吞魚骨、雞骨，排便時刺入肛管周圍組織或外來銳器直接刺穿肛管直腸周圍組織，引起感染擴散蔓延形成肛瘺，不易愈合多由異物存留組織間隙造成。