大部分肛瘺由直腸肛管周圍膿腫引起，因此內口多在齒狀線上肛竇處，膿腫自行破潰或切開引流處形成外口，位于肛周皮膚上。由于外口生長較快。膿腫常假性愈合，導致膿腫反復發作破潰或切開，形成多個瘺管和外口。使單純性肛瘺成為復雜性肛瘺。瘙管由反應性的致密纖維組織包繞，近管腔處為炎性肉芽組織，后期腔內可上皮化。 結核、潰瘍性結腸炎、Cohn病等特異性炎癥、惡性腫瘤、肛管外傷感染也可引起肛瘺，但較為少見。
    肛瘺的病理表現有外口、瘺管、支管、內口組成。
    ①瘺管：連接內口與外口的管道，形狀各異，可有一個，也可有多個分支。
    ②外口：是肛門周圍膿腫破潰或切開的口，在肛門周圍的皮膚上，多數距肌門約2～3cm。其距肛門遠近不定，數目不一，可凹陷，也可突起；可伴有肉芽組織，紅紫色，潛行性邊緣，形狀整齊，且外口較大者多為結核性瘺管。
    ③內口：是肛門感染形成肛門周圍膿腫的入口，多數在肛竇附近，80%在肛管后正中線兩側的肛竇發生。由坐骨直腸窩和肛門部來的血管，在肛管后方正中線兩側進入直腸，感染常沿血管周圍蔓延，因此，內口多在肛管后部中線兩側。
    ④支管：主瘺管引流不暢，或反復感染，均可發生很多支管。探清支管對手術效果極為重要。