生殖器皰疹主要由單純皰疹病毒Ⅱ型引起。性交時，病毒顆粒從微小的裂隙侵入皮膚和粘膜的角朊細胞，在那里繁殖，并向周圍細胞播散。初次感染時，人體內尚無抗體形成，容易發生病毒血癥和其他內臟器官的感染。當體內產生中和抗體和補體結合抗體后，病毒血癥及病毒的播散性傳播會被抑制，但局部細胞中的病毒卻難以被消滅，病毒的繁殖也不能被制止。這些病毒可以經周圍神經沿神經軸轉入骶神經節，并在那里長期潛伏。平時，神經細胞中缺少病毒繁殖所需要的特異性轉錄酶，病毒的基因組處于靜止狀態，無復制繁殖，這種情況有時可維持很多年。當人體受到某種因素影響或機體免疫力下降時，這些潛伏的病毒可以重新活躍，沿受累的神經根返回皮膚粘膜，引起人體發病。日常生活中可能引起病毒活化的因素常有：疲勞、月經期、飲食失調、營養不良、受寒、情緒波動、患急性傳染病、高熱、創傷等，這就是生殖器皰疹容易發作的原因。

 

　　HSV主要經過皮膚粘膜或破損處進入人體內，首先在表皮或真皮細胞內復制。不論有無臨床癥狀病毒在局部充分復制后感染感覺神經或自主神經未稍。病毒沿神經軸索進入神經節內的神經細胞中。動物實驗發現從皮膚粘膜接種HSV到神經節內的神經細胞發現病毒，大約2天時間，可見其感染速度相當快。

 

　　HSV-1通常由呼吸道消化道及皮膚粘膜密切接觸感染。所以HSV-1常潛伏在三叉神經根和頸上神經節內。故臨床所見主要是顏面部位的皰疹HSV-2主要因性行為傳播，生殖器接觸而感染，所以HSV-2則常潛伏在骶神經節內故臨床主要表現為生殖器皰疹。患者血清學均為陽性，可終生有泌尿生殖道HSV間歇性活動。

 

　　感染最初階段病毒先在神經節及與之相接觸的神經組織內復制，然后通過感覺神經到達其未稍而使與之相關的皮膚、粘膜表面發生皮損病毒從外周感覺神經擴散到皮膚、粘膜，這一情況可以解釋表皮大面積受感染和遠離原發部位新病損發生的原因。原發性HSV感染病人常有這些特點，而且從遠離接種部位的神經組織中發現病毒初次發病臨床癥狀消退后，在神經內不再分離到感染性病毒。在細胞表面也檢不出病毒蛋白各種刺激因素，如免疫抑制、勞累感染、精神創傷以及皮膚神經節創傷等都可引起病毒復活。

 

　　原發感染緩解后神經節中找不到感染的病毒和病毒結構蛋白，潛伏感染神經細胞中的病毒基因組和顯性感染不同，前者HSV的DNA是環狀的在潛伏感染的小鼠神經細胞核內和人的三叉神經節中檢出的RNA轉錄物中可與編碼早期基因ICPO的區域雜交，此RNA是編碼ICPO的DNA互補鏈轉錄來的。此“反義”RNA可能參與維持神經內潛伏感染但不參與建立潛伏感染維持潛伏感染的機制不清楚，似乎潛伏感染的細胞僅有HSV蛋白質的部分轉錄。