肛瘺的臨床癥狀比較多，最常見的有五種典型癥狀，患者可根據以下癥狀結合自身癥狀進行初步自測：
    1.流膿是常見的肛瘺癥狀：膿液的多少，因瘺管的長短、大小而不同。新生成的肛瘺流膿較多，膿稠，味臭，色黃，以后逐漸減少，時有時無，呈白色，質稀淡。如忽然膿液增多，表示有新瘺管生成。
    2.肛瘺癥狀還表現在疼痛：如瘺管引流通暢，一般不感疼痛，僅感覺在外口部位發脹不適，行走時加重。
    3.瘙癢：肛門周圍皮膚因分泌物經常刺激，感覺潮濕搔癢，可出現皮膚變色，表皮脫落。
    4.排便不暢屬于常見的肛瘺癥狀：多見于蹄鐵形肛瘺，因瘺管圍繞肛管，形成半環狀纖維索環，因而影響肛門舒張，可出現排便不暢。
    5.全身癥狀：一般肛瘺癥狀瘺常無全身癥狀，但復雜性肛瘺和結核性肛瘺，因病期長，有的帶病數十年，常出現身體消瘦、貧血、便秘和排便困難等癥狀。