支原體感染的潛伏期一般為1-3周，亦有長達6周以上者。支原體感染的典型的急性期癥狀與其他非淋菌性生殖泌尿系感染相似，表現為尿道刺痛，不同程度的尿急及尿頻、排尿刺痛，特別是當尿液較為濃縮的時候更明顯，而且這種刺痛常常出現在排尿的初段及排尿將近終止的瞬間，也有患者在不排尿時可出現類似感覺。較長時間不排尿或晨起首次排尿前，尿道口常常可有少量稀薄透明的分泌物外溢，或由其干涸而形成的痂膜封口，遇有混合性感染，其分泌物可呈黃綠色或白色，并因此使內褲污染，嚴重者可出現前段血尿。約有1/3的病人可無任何自覺癥狀，只是在例行檢查時才被發現，后者常常被稱為亞臨床感染。女性患者多見以子宮頸為中心擴散的生殖系炎癥。多數無明顯的自覺癥狀，少數重癥病人有陰道下墜感，當感染擴散及尿道時，尿頻、尿急是引起病人注意的主要癥狀。前者表現為白帶增多、渾濁、子宮頸水腫、充血或表面糜爛。后者可見尿道口潮紅、充血，擠壓尿道可有少量分泌物外溢，但很少有壓痛出現。女性支原體感染的合并癥多見輸卵管炎，少數可合并子宮內膜炎及盆腔炎。