1.中藥治療。肛瘺自古就有中藥治療的方法，古人治療肛瘺的各個期間的用藥都不同，比如早期可以用清熱解毒的藥物比如黃連除濕湯、神授衛生湯等。如果中期已經有膿液的話，可以使用清熱化濕的內托黃芪散、如果大便干結可以使用黃連解毒湯等。還可以配合補氣、養血、驅毒和去腐生肌的藥物。
    2.切開法。將肛瘺切開，然后刮其膿液，避免肛瘺逐漸惡化后，有更多的瘺管和潰爛形成。但是切開后傷口極易感染發炎，而且越是深的傷口越不容易痊愈，所以還要配合藥物進行清洗，這種方法適用于早期簡單的肛瘺病情。
    3.脫管法。對于脫管法從幾百年前宋朝、明朝就有記載。是將藥物制成棒條狀，插入瘺管內，令其腐肉逐漸消失，加上生肌藥物，促進新的肉芽生長。
    4.掛線法。這種方式就是一種緩慢切開的方式，主要利用皮筋的拉力，將傷口潰爛處拉開，然后令新的組織生長。過程比較痛苦，而且容易復發，但是不容易引起肛門失禁的情況，具體使用要根據患者的病情。高位復雜性肛瘺并不適合這種方式。