肛瘺形成初期是以膿腫、炎癥為主，炎癥消退，瘺道逐漸形成，局部癥狀逐漸減輕。但復雜性肛瘺或有急性感染時，局部有明顯的炎癥反應，并伴有全身癥狀。而且肛瘺的患者時常會出現膿液淋漓不斷，反復感染，不能自然愈合，病程纏綿、病情復雜的特點。

    肛瘺的典型癥狀：
    1、流膿是主要癥狀：膿液多少與瘺管長短，多少有關，新生瘺管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性愈合，瘺管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以后封閉的瘺口破潰，癥狀方始消失。
    肛瘺外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物為主要癥狀。較大的高位肛瘺，因瘺管位于括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由于分泌物的刺激，使肛門部潮濕、瘙癢，有時形成濕疹。當外口愈合，瘺管中有膿腫形成時，可感到明顯疼痛，同時可伴有發熱、寒顫、乏力等全身感染癥狀，膿腫穿破或切開引流后。癥狀緩解。
    2、疼痛：瘺管通暢無炎癥時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘺管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘺時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。
    3、瘙癢：由于膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮濕不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成濕疹。
    4、排便不暢：復雜性肛瘺口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。
    5、全身癥狀：在急性炎癥期和復雜性肛瘺反復發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。
    高位肛瘺的典型癥狀
    （1）疼痛：平時一般疼痛不明顯。膿液積存于管腔內引流不暢時，局部脹痛，并有明顯壓痛，膿液引流后疼痛減輕。<br />
    （2）流膿：膿液多少與瘺管大小、長短及數目有關。新形成或炎癥急性發作期的瘺管膿多、味臭、色黃而濃厚，經久不愈的瘺管膿液較少或時有時無。膿液急劇增多，局部膿腫，體溫增高。常因肛瘺炎癥急性發作或有支管形成。結核性肛瘺，膿液多而清稀，呈米泔水樣，可有干酪樣壞死物。