肛裂病理組織變化可分為四個階段：

　　初發期：由以上各種因素引起的肛裂，初起肛管皮膚淺表損傷，或呈表淺性潰瘍，創口周圍組織基本正常。

　　潰瘍形成期：創口有不良肉芽增生。創底見有環狀纖維，創緣皮膚增生。

　　慢性潰瘍期：創口陳舊性潰瘍，刨底可見內括約肌。

　　慢性潰瘍合并其它病理改變期：在慢性潰瘍基礎上有潛行性肛瘺等、慢性肛裂常合并以下病理改變。

　　① 肛乳頭炎：潰瘍上端與齒線相連，炎性擴散，常引起肛竇炎，最后形成肛乳頭肥大。

　　② 肛竇炎：由肛竇感染擴散，肛管皮下形成小膿腫，破潰生成潰瘍。先有肛裂，后引起肛竇炎。

　　③ 梭形潰瘍：肛管皮膚裂傷，經過感染，形成潰瘍。

　　④ 肛門梳硬結：即櫛膜嗜厚和變硬，形成梳狀硬結，暴露在潰瘍的基底，妨礙括約肌的舒張，影響潰瘍的愈合。

　　⑤ 潛性瘺管：肛竇基底常見有瘺管于潰瘍相通，是因為肛竇感染化膿，形成小膿腫破潰所致。

　　⑥ 裂痔：裂口下端皮膚因炎癥改變，淺部靜脈及淋巴回流受阻，引起水腫，組織增生。形成結締組織性外痔，又稱為哨兵痔。