關于返祖現象，現代遺傳學有兩種解釋：一是由于在物種形成期間已經分開的，決定某種性狀所必需的兩個或多個基因，通過雜交或其他原因又重新組合起來，于是該祖先性狀又得以重新表現；二是決定這種祖先性狀的基因，在進化過程中早巳被組蛋白為主的阻遏蛋白所封閉，但由于某種原因，產生出特異的非組蛋白，可與組蛋白結合而使阻遏蛋白脫落，結果被封閉的基因恢復了活性，又重新轉錄和翻譯，表現出祖先的性狀。